В экосистемах естественных вод из-за отрицательного влияния деятельности человека и краткосрочных и долгосрочных изменений факторов окружающей среды уменьшается потенциал естественного воспроизводства некоторых видов хозяйственно ценных рыб, происходят изменения в структуре ихтиофауны, и рыбные ресурсы имеют тенденцию значительно уменьшаться. Чтобы предотвратить эти негативные процессы и обеспечить устойчивость рыбных ресурсов в государственных публично доступных водоемах, в государстве разрабатывается государственная программа воспроизводства рыбных ресурсов и ее основные установки.

Цель основных установок – научно обоснованное обеспечение устойчивости и многообразия ценных рыбных ресурсов в публично используемых водах, чтобы уменьшить наносимый антропогенным влиянием ущерб и способствовать возможностям развития в Латвии устойчивого рыболовства и любительского рыболовства.

Обеспечивая выполнение основных установок, рыбопитомник Института ежегодно выпускают в бассейны Гауи, Венты и малых рек не менее 5,76 миллиона, а в бассейн Даугавы, компенсируя вызванный работой каскада даугавских ГЭС ущерб, не менее 6,37 миллиона мальков и личинок разных видов рыб.

Основные виды рыб, которые в рамках программы воспроизводства рыбных ресурсов разводятся в рыбопитомнике «Томе» Института и его филиалах – «Доле», «Карли» с отделением «Брасла» и «Пелчи», – лосось, таймень, судак, сырть, сиг, ручьевая форель, щука, налим и речная минога.