Departamenta darbības mērķis ir zinātnisko pamatu veidošana Latvijas ūdeņos (Baltijas jūra, Rīgas jūras līcis un iekšējie ūdeņi) esošo zivju resursu ilgtspējīgai izmantošanai. Departaments veic starptautiski regulējamo zivju sugu resursu uzskaiti un novērtēšanu, neregulējamo zivju krājumu un to stāvokļa izpēti dabiskajos jūras un iekšējos ūdeņos, novērtē zvejas, makšķerēšanas un vides stāvokļa ietekmi uz zivju krājumiem un bioloģisko daudzveidību, kā arī veic zvejas flotes, zivju apstrādes un akvakultūras darbības monitoringu un ekonomisko novērtējumu.
Zivju resursu departamenta galvenais uzdevums ir nodrošināt Eiropas Jūrlietu un zivsaimniecības fonda (EJZF) finansētā “Latvijas Nacionālā zivsaimniecības un akvakultūras datu vākšanas Darba plāna” un ar Zemkopības ministriju noslēgto Latvijas zivju resursu izpētes līgumu īstenošanu, ievācot, apkopojot un analizējot bioloģiskos, zvejas un ekonomiskos datus.
Jūras nodaļa veic izpētes darbus Baltijas jūrā, Rīgas jūras līci un jūras piekrastē, organizējot pētnieciskos reisus un uzskaites ar mērķi iegūt bioloģisko informāciju par galvenajām rūpnieciski nozīmīgām zivīm - reņģi, brētliņu, mencu, pleksti, kā arī citām zivju sugām bioloģiskās daudzveidības monitoringa ietvaros. Iegūtie bioloģiskie dati, kā arī nozveju statistiskie dati ikgadus tiek izmantoti zivju krājumu stāvokļa novērtēšanai un prognožu izstrādei. Pelaģisko zivju nārsta sekmīguma novērtēšanai un krājuma papildinājuma noteikšanai Baltijas jūras atklātajā daļā veic ihtioplanktona (zivju ikru un kāpuru) uzskaites.
Baltijas jūras vides stāvokļa novērtēšanai tiek veikti okeanogrāfiskie un hidrometeoroloģiskie novērojumi.
Iekšējo ūdeņu un zivju resursu atražošanas nodaļa veic zivju un vēžu izpētes darbus Latvijas iekšējos ūdeņos (upēs, ezeros u.c. ūdenstilpēs). Galvenie pētījumu virzieni saistīti ar zivju krājumu stāvokļa un ceļotājzivju dabiskās atražošanās novērtēšanu, kā arī ar zvejas, makšķerēšanas un vides stāvokļa ietekmi uz zivju krājumiem un bioloģisko daudzveidību. Nodaļa apkopo un glabā datus par zveju, makšķerēšanu un zivju resursu mākslīgo atražošanu Latvijā. Zinātniskā zveja, ko veic nodaļas pētnieki, dod datus ne tikai par zivsaimnieciski nozīmīgām zivju sugām, bet arī par Latvijas ūdeņu bioloģisko daudzveidību.
Nodaļas galvenais uzdevums ir vērtīgo zivju sugu atražošanas pasākumu kvalitātes novērtējums. Tiek veikta mākslīgi audzēto un dabiskos ūdeņos izlaisto lašveidīgo zivju migrācijas analīze un novērtēta lašu un taimiņu atgriešanās intensitāte. Nodaļā tiek uzturēta iezīmēto zivju datu bāze, kas satur bioloģiskos datus, informāciju par zivju migrācijām, nozvejas vietām utt. Atražošanas programmas ietvaros tiek veikta lašu un taimiņu smoltifikācijas (nobriešanas pakāpes) novērtēšana, lai konstatētu labāko zivju izlaišanas laiku un vietu. Atbilstoši kompetencei nodaļa nodrošina zinātnisko ekspertīzi akvakultūras jautājumos.
Iekšējo ūdeņu un zivju resursu atražošanas nodaļas speciālisti ir atbildīgi par saimnieciskās darbības nodarīto zaudējumu zivju resursiem novērtēšanu, ekspertīzēm un slēdzieniem, kas saistīti ar šiem jautājumiem.
Informācijas un datu nodaļas galvenais uzdevums ir zivsaimniecības zinātnes un nozares informatīvais atbalsts.
Atbilstoši departamenta vajadzībām nodaļa nodrošina informācijas ievadīšanu, uzglabāšanu un piekļuvi tai, kā arī gatavo informatīvos ziņojumus un pārskatus ar aktuāliem/apkopojušiem datiem par zveju; zvejas, zivju apstrādes un akvakultūras ekonomiku, iesniedzot tos:
- Eiropas Komisijas struktūrām, Zinātniskās, tehniskās un ekonomiskās zivsaimniecības komitejai (STECF) un tās darba un ekspertu grupā;
- Starptautiskajai Jūras pētniecības padomei (ICES) un Baltijas jūras vides aizsardzības komisijai (HELCOM);
- nacionālajām iestādēm, tajā skaitā Zemkopības ministrijai, Vides un reģionālās attīstības ministrijai, Lauku atbalsta dienestam (LAD), Valsts vides dienestam (VVD), Centrālajai statistikas pārvaldei (CSP);
- pašvaldībām, sabiedriskajām organizācijām un uzņēmējiem.
Informācijas un datu nodaļa nodrošina arī zinātniskās bibliotēkas darbību.
Zivju resursu pētniecības departamenta zinātniskā bibliotēka
Bibliotēkas fonds tiek veidots, uzkrājot un sistematizējot izdevumus un dokumentus jūras un ūdens vides zinātņu, zvejniecības un akvakultūras jomā. Bibliotēkas fondā ir vairāk nekā 20 tūkstoši iespieddarbu un oriģinālu eksemplāru (grāmatas, periodiskie izdevumi). Ievērojamu krājuma daļu veido Starptautiskās jūras pētniecības padomes (ICES), Apvienoto Nāciju Pārtikas un lauksaimniecības organizācijas (FAO) izdevumi, kā arī Baltijas jūras valstu zivsaimniecības pētniecības institūtu izdevumi.
Kopš 2002. gada departamenta bibliotēka ir Eiropas ūdens vides zinātņu bibliotēku un informācijas centru asociācijas (EURASLIC) un Starptautiskās ūdens un jūras vides zinātņu bibliotēku un informācijas centru asociācijas (IAMSLIC) dalībniece.